在研究教学之外，从1995年开始，我多次回到中国，参与中国的科技和教育的工作，包括科技教育的局部改革。1999年辅助蒲慕明建立中国科学院生命科学方面第一个全面改革的研究所——神经科学研究所，这是科学院体制改革的一个先锋。在2004年底，中国决定成立一个在所有体制之外的全新研究所——北京生命科学研究所，请了王晓东教授、耶鲁的邓兴旺教授共同担任所长，我担任兼职的协助副所长。

2007年，我全职回国主持北京大学生命科学学院工作，担任院长，在体制内进行改革。这是北京大学在已有的中心、研究所的改革和有些学院部分改革的基础上，第一次在一个学院层次的全面改革。5年之后，任期已满，我认为主要的核心教师聘任体系和学生教育体系已经基本成形，便要求辞职。

辞职的原因不是为了增加研究和教学时间，而是我认为改革一个很重要的方面是，你不能只改革别人，不改革自己。一个学院要想完全改革，除了老师和学生的体系要改革，院长的产生体系也要改革。如果一位院长要靠自己永远站在这个位置上，来保证改革，这个改革是没有完成的。所以，院长一定要下来，才能检验整个学院的改革是不是真正能够落地、真正能够长期维持。所以我认为，辞掉学院院长是我改革完成的必要的一步。凡是所谓改革，最后自己在那个职位不肯下来的，要么是自私，要么是对自己的改革没有信心。