2005年，崔永元在接受采访的时候表示：“我们台一个主持人在做谈话节目，采访一个艺术家，这个艺术家很投入，很忘情，主持人也在现场号召大家向他学习。出来后他跟我说，这傻B真配合……我在看这个节目时，他(那个主持人)在哭，我就呕吐。”这篇文章刊出后，许多人都说崔永元说的这个主持人就是朱军。
为这事，朱军曾感到很苦恼，但不怕直接找崔永元对质，怕伤了和气，找到当时的台长赵化勇说事。可赵化勇台长反问朱军：“朱军我找过你吗?”朱军说：“没有。”“分管副台长找过你吗”，朱军又说“没有”。“那就行了嘛，我们都没有找过你，说明我们是不相信这样的事会出在你身上，你怎么这么在意这个事呢?”
但为这事，半年多朱军都没缓过劲来。
2010年，崔永元看了《南方人物周刊》对朱军的采访之后，发了一条微博：”对我当年过于含混地描述使朱军饱受误解受到无端伤害深感歉疚！现郑重向朱军及家人鞠躬致歉！学习朱军的抗压能力和宽广胸怀。崔永元 2010.11.9。”