实际上孙海峰并未抄袭，方舟子指出孙海峰涉嫌的文章，是别人当时引用孙海峰的文章未标明出处而已。

　　通过和方舟子在微博上的争论后，孙海峰要求方舟子公开道歉，并“对方舟子的污言秽语和造谣中伤等行为，保留追究其法律责任的权利”。

　　而旅居海外的知名时政、经济评论人李剑芒认为，方舟子的巨大传播力和个人道德低下的品质给社会造成了巨大的威胁，这种威胁如果不被有效的控制，他将成为网上的黑社会头子。

　　“他想黑谁，谁也逃不掉！”李剑芒担心“这个黑社会将威慑整个中国的学术界和文化界”，他呼吁“此害必须控制”！

　　对于方舟子此前的“打假”，舆论出现一边倒的支持时，他那“巨大传播力”确实也让他颇受争议，而方舟子也因此与多人结怨。

　　方肖之战

　　2010年10月10日，北京石景山区人民法院的一纸判决书，让当时有着候选中科院院士之称的肖传国被判拘役5个半月。

　　法院的判决书表示，拘役肖传国的理由是，他犯了寻衅滋事罪。

　　肖传国是华中科技大学同济医学院泌尿外科研究所所长、美国纽约大学医学院泌尿外科副教授，按照他的说法，他与方舟子在十几年前就结怨。

　　早在2001年的8月，肖传国就匿名“昏教授”，在新华网发表《对方舟子学术打假的批评以及反思》批评方舟子的“学术打假”方式。

　　此后肖传国也一直沿用这个名字与方舟子在网上争斗。直到2005年中科院院士评选，肖传国过了第二轮，在网上公示时，“昏教授”才被方舟子发现。

　　肖传国认为方舟子寻找他多年，“他就像发疯了，他就利用《北京科技报》，立马造很多谣。”包括指责肖传国伪造简历和学历等。

　　方舟子在《脚踏两只船的院士候选人》一文中称，质疑肖传国研究多年的“肖氏反射弧”并没有得到过公认。

　　“肖氏反射弧”是用截瘫后废用的体神经通过手术，将其与支配膀胱的内脏自主神经混合杂交，形成一种新的可从皮肤控制的神经反射排尿通道。

　　而患者接受手术后，则只需挠挠大腿内侧，就可以自主控制排尿。1999年和2004年，该项技术分别被国家卫生部鉴定为国际领先和国际先进，并且建议推广应用。

　　2005年9月14日，肖传国以方舟子撰文污蔑“严重损害了自己的名誉权”为由，将方舟子告上法庭。2006年8月份，武汉市江岸区人民法院判决方舟子败诉。

　　虽然案件判下来了，但案件一直未得到执行。

　　在肖传国看来，方舟子输了官司后，就把钱全部放到他配偶刘菊花的账户上了。但律师查明他在中国没有银行账户，在美国也没有银行账户。

　　当时的律师调查还表明，方舟子不仅没有银行账户，“他在美国也没有房子，没有工作，他是个三无人员，他没有居住处。”

　　肖传国随后申请了强制执行，所有的费用全部从方舟子配偶刘菊花的账户上强行划走。

　　正因为法院的强制执行，方肖之间的争论才愈演愈烈，最后发生了所谓“肖传国雇凶伤人”事件。当时的媒体报道重点，也聚集在肖传国雇凶伤害方舟子上。

　　“这是一起冤案，我没有雇凶打人，更不能判我‘寻衅滋事罪’。”肖传国向时代周报记者透露，“正在着手起诉方舟子和相关部门”。

　　肖传国拿出了方舟子及其律师彭剑收买他的病人造假的证据，病人家属已承认当时被收买。肖传国的律师已经准备好了起诉方舟子的相关材料。

　　早年和方舟子同时在美国的肖传国，曾一直支持方舟子“打假”。但因为哈佛大学的夏建统一事，肖传国不得不质疑方舟子的“打假”方式。

　　24岁的夏建统是哈佛大学博士生，因当时杭州请他担纲西湖规划，当地媒体称他是“哈佛博士”，方舟子就举报夏建统并要求哈佛开除他。

　　肖传国认为方舟子不该这么“打假”，“博士和博士生就一字之差”，毕竟那不是夏建统的错。

　　对于方舟子指责肖传国的事情，肖传国除了用事实回应外，还多次公开承诺，“谁发现方舟子对我的哪一条指控属实，就奖励5万元人民币。”

　　肖传国的话放出多年，直到现在为止，没有人能指出方舟子对他的哪一条指控属实。