库克还捍卫了加密做法，详述了为什么苹果反对政府机构在iOS设备设置“后门”的要求。

“如果像美国政府希望的那样，我们从产品中完全删除加密工具，那就会伤害那些依赖我们保护数据的守法公民。”他强调说，“我们非常尊重执法行为，但在这件事上，我们有不同的看法。我可以非常明确地说，削弱或去除加密，会伤害那些因正当理由使用它的人。最终，我认为它会消减《第一修正案》里规定的权利，并破坏我们国家的立国之本。”

他警告说：“如果你为警察在门口的垫子下放置了一把钥匙的话，盗贼也同样有可能找到这把钥匙。犯罪分子会无所不用其极地努力侵入用户的账户。如果他们知道设备有密钥，没有找到的话，他们就肯定不会罢休。”

库克在2015年12月接受查理·罗斯的采访时承认，尽管苹果在保护用户隐私问题上有坚定的立场，但如果政府发出要求提供具体信息的授权令，苹果还是要遵守。“因为我们必须遵守法律。”但是得益于内嵌在苹果软件和设备中的保护，苹果没有太多可以提供的东西。“在信息加密的情况下，我们没有什么可以提供的。”库克解释道。他也希望苹果的用户能够明白，尽管苹果必须要在法律范围内运营，但还是会坚定地保护用户数据的安全。

但是多年来，还是有一些令苹果用户们感到紧张的隐私丑闻。关于苹果对隐私采取的立场，第一次引发的公开讨论是在2013年12月。当时，一份机密文件被泄露，爆出了美国国家安全局正在进行的一个名为“放弃吉普”（DROP-OUTJEEP）的项目，他们可以使用软件入侵并窃听几乎所有iPhone发送和接收的信息。公众一片哗然，苹果被指控与国安局合作，设立“后门”访问iOS以支持政府的窥探行为。

但是苹果发表了一份声明，明确地表示：“苹果公司从未与国安局合作，以在产品中留有‘后门’，包括iPhone在内。此外，我们对这项据称是针对我们产品的国安局计划毫不知情。”该声明解释道：“此功能包括从设备推送/提取文件的能力、短信检索、联系人列表检索、语音邮件、地理定位、激活话筒、摄像头捕捉、手机信号塔位置等。”国安局声称，这一软件在苹果设备的成功率达到了100%，但苹果承诺“将继续利用各种资源比恶意黑客更加强大，无论谁身居幕后，苹果都将保护用户免遭安全攻击”。

2013年10月，一家名为QuarksLab的安全公司的研究人员发表了一份白皮书，称如果苹果愿意或“政府命令苹果这样做”，那么苹果就能够查看iMessage会话的内容。但苹果很快就站出来否认，并发表声明，说：“iMessage的设计是不允许苹果阅读用户的消息的。”苹果表示，这一研究“讨论了iMessage系统理论上存在的漏洞，但具体实施起来需要苹果重新搭建iMessage系统才能利用这个漏洞，但苹果压根儿没这个打算和兴趣”。苹果还附上了一份报告，列出了从政府那里收到的用户个人数据请求，其中写道：

我们相信，我们的用户有权了解他们的个人信息是如何被对待的，我们认为，我们有责任为他们提供最好的隐私保护。苹果已根据从政府那里收到的要求提供个人用户信息的请求做出本报告，以求符合全球用户的利益……我们已经报告了法律允许分享的所有信息，苹果将继续提高我们收到的请求的透明度。

但隐私问题依然存在。库克在2015年10月于加利福尼亚州拉古纳海滩举行的《华尔街日报》的技术会议上，在回答有关苹果“后门”的提问时，说“必须没有‘后门’”。如果国安局和其他当局能访问iOS的“后门”，攻击者也有可能访问这样的“后门”。“后门”极有可能被恶意攻击者发现并利用，把数以亿计的iOS用户置于风险之中。毕竟，对苹果软件漏洞的寻找，曾吸引了一大群人加入研发“越狱”的行列，“越狱”可以在iOS设备上安装未经授权的应用程序。“只要这些数据被一些人获取，它们就会受到严重的滥用。”库克补充道，“强加密符合国家的最佳利益。”

多年来，库克一直在苹果幕后处理这些隐私问题。但在2016年圣贝纳迪诺发生恐怖袭击事件后，苹果对待隐私保护问题的立场被推到了全美舆论的风口浪尖。这次对峙几乎把苹果的前程毁于一旦，它成了库克在职业生涯中经历的最大的挑战。