流感感染造成人体症状的机制已经有详细研究。其中一个机制是病毒会抑制促肾上腺皮质激素（ACTH），造成皮质醇浓度降低^[84]。知道特定的病毒株带有哪些基因能协助预测该病毒是否容易感染人类，以及感染后造成的症状有多严重，也就能了解该病毒株的病态生理学^[45][85]。例如，流感病毒侵入细胞的过程中，病毒的血球凝集素蛋白需借由人类的蛋白酶裂解^[66]。对较温和或毒性较低的病毒来说，他们的血球凝集素结构只能由喉部和肺部的蛋白酶分解，因此这些病毒无法感染其他组织；但致病力较高的病毒株（如H5N1）的血球凝集素则能透过各式各样的蛋白酶分解，也就使病毒能在体内各种组织间散播^[85]。

病毒的血清凝集素决定了病毒株能感染的物种，以及能够感染呼吸道的哪一个部分^[86]。能够感染人类的病毒株血清凝集素，通常能与上呼吸道（如鼻、口、喉咙等）的受体结合。反之，致死性极高的H5N1比较容易结合在肺部深处的受体^[87]。这也是为什么H5N1虽然不会造成咳嗽及打喷嚏，且在人类之间传播力不强，但却能导致严重的病毒性肺炎的原因之一^[88][89]。

流感的常见症状如发热、头痛和疲劳等，乃肇因于感染过的细胞会释放大量发炎性细胞激素和趋化因子的释放（如干扰素及TNF-α等）^[21][90]。这点与造成普通感冒的鼻病毒感染稍微不同，鼻病毒的症状是来自于病毒对组织的直接伤害，并非完全来自发炎反应^[91]。严重的免疫反应可能导致致命性的细胞素风暴，许多致死率特高的流感很可能是循此途径，如H5N1禽流感^[92]和1918年西班牙流感等^[93][94]。然而，也有人提出病毒本身可能就有细胞激素，只是在复制的过程中大量制造，免疫反应并无直接参与细胞素风暴的产生^[95]。