清太祖努尔哈赤1616年建立后金政权时在此驻扎军队。康熙五年（1666）迁建新城于今黑龙江省宁安市城地。其地原为渤海故壤、上京龙泉府故址，距今县城35千米（今宁安东京城）。顺治十年（1653）设昂邦章京（意为总管）镇守，长期为清统治东北边疆地区的重镇。每年六月，派出官员至黑龙江下游普禄乡，收受库页岛（今萨哈林岛）居民贡貂。17世纪中叶，俄国哥萨克侵扰黑龙江流域，清朝多次由此地派兵征讨。康熙元年，更昂邦章京为镇守宁古塔等处将军。十五年，将军移驻吉林乌拉（今吉林）城，以副都统镇守此地。光绪二十九年（1903）设绥芬厅于宁古塔，与副都统同城治理军政事务。三十三年裁副都统。宣统元年（1909），绥芬厅升为府，迁驻三岔口，1910年此地改置宁安府。1913年改为县。今为黑龙江省宁安市治所在地。

宁古塔辖界在顺治年间十分广大，哈尔滨以南、以东皆归其统。随着设厅，疆土逐渐减少。作为国防重镇的宁古塔，是向朝廷提供八旗宁古塔兵源和向戍边部队输送物资的重要根据地，也是十七世纪末到十八世纪初，东北各族向朝廷进贡礼品的转收点，因此宁古塔与盛京齐名。

宁古塔古城原在今海林县旧街古城村附近，清太宗皇太极建国号大清后，任命吴巴海为镇守宁古塔副都统，前后共有73任。由于宁古塔处于边塞要冲，光绪八年（1882）任容山为副都统，光绪九年（1883）另设钦差大臣一员，此员为吴大澄，是清末洋务派著名人物。光绪九年容山重修宁古塔城墙，胡适父亲胡传为其代撰《重修牙城记》。